Sebelumnya ISI Denpasar hanya mengelola pendidikan strata satu (S1) yang telah banyak menghasilkan lulusan yang berkualitas dan tersebar mengisi peluang kerja baik sebagai seniman maupun bidang-bidang seni lainnya di dalam dan luar negeri. Peluang kerja dan kesempatan yang telah dipegang para alumnus ISI Denpasar menuntut peningkatan kualitas sumber daya yang sesuai dengan perkembangan jaman. Dengan diberlakukannya undang-undang guru dan dosen menjadi peluang dan tantangan tersendiri bagi ISI Denpasar untuk meningkatkan peranannya dalam meningkatkan sumber daya manusia dalam bidang seni budaya, sekaligus pula merespon tuntutan internal eksternal dari perguruan tinggi lain di Bali, Nusa tenggara maupun kawasan Indonesia timur yang mengelola program studi sejenis. Menyikapi tuntutan internal dan eksternal tentang kebutuhan sumber daya dan perkembangan seni, ilmu pengetahuan dan teknologi serta tuntutan apresiasi masyarakat yang tidak dapat dihindari, maka ISI Denpasar telah diberikan kepercayaan berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Nomor 90/E//2011 tertanggal 24 April 2011 menyelenggarakan Program Studi Penciptaan dan Pengkajian Seni (S2). Program Studi Penciptaan dan Pengkajian Seni ISI Denpasar sudah mendapatkan nilai dan peringkat akreditasi program studi pada Program Magister berdasarkan keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Nomor 183/SK/BAN-PT/Akred/M/VI/2014 yang ditetapkan pada tanggal 28 Juni 2014 memutuskan  Pascasarjana ISI Denpasar mendapatkan nilai akreditasi B.

Kurikulum di lingkungan perguruan tinggi diatur dalam Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Nomor 232/U/2000 Tentang Pedoman Penyusunan Kurikulum Pendidikan Tinggi dan Penilaian Hasil Belajar Mahasiswa dan Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Nomor 045/U/2002 Tentang Kurikulum Pendidikan Tinggi. Kurikulum pendidikan tinggi adalah seperangkat rencana dan pengaturan mengenai isi maupun bahan kajian dan pelajaran serta cara penyampaian dan penilaiannya yang digunakan sebagai pedoman penyelengkarakan kegiatan belajar-mengajar di perguruan tinggi.

Penyelenggaraan pendidikan di lingkungan ISI Denpasar dilaksanakan dalam program-program studi atas dasar kurikulum yang ditetapkan oleh Rektor ISI Denpasar sesuai dengan usul kurikulum yang disusun oleh masing-masing fakultas sesuai peraturan perundang-undangan yang berlaku. Kurikulum dilaksanakan secara fleksibel dan dievaluasi secara berkala, sebagian atau secara keseluruhan sesuai dengn dinamika perkembangan ilmu pengetahuan, teknologi, dan seni sesuai tuntutan dan kebutuhan masyarakat.

Ciri khas kurikulum Program Studi Penciptaan dan Pengkajian Seni (S2) ISI Denpasar mengacu pada eksplorasi kesenian dan budaya lokal bali yang dianalisis, diteliti, dikaji, dan diinovasi berdasarkan metode ilmiah yang tercermin dalam kajian-kajian ilmiah berbasis keunggulan yang membedakan dengan kurikulum perguruan tinggi seni lainya.

Bidang ilmu atau bidang kajian yang menjadi pokok dari Program Studi Penciptaan dan Pengkajian Seni (S2) memiliki minat studi/konsentrasi: Penciptaan Seni dan Pengkajian Seni. Perkembangan profesi yang relevan dalam Program Studi Penciptaan dan Pengkajian Seni (S2) ISI Denpasar yakni memiliki kepribadian yang bersumber dari nilai budaya local nusantara untuk dikaji menjadi aset kekayaan seni bangsa Indonesia. Selain itu, mampu mengkaji dan mencipta karya seni secara kontekstual dan professional, serta mampu menunjukkan dan mengembangkan karya ilmiah untuk minat kajian dan mengembangkan karya seni bagi minat penciptaan yang berpotensi mendapatkan hak cipta. Dengan demikian mampu menyumbangkan pikiran dan keahlian di masyarakat.

Mengembangkan kemampuan kreatif dan inovatif untuk mencipta karya-karya seni yang berpotensi HAKI dengan beranjak pada nilai-nilai budaya lokal sebagai sumber penciptaan, dan juga mengangkat budaya lokal sebagai objek kajian guna menginventaris, mengembangkan dan memakai budaya tersebut dalam bentuk kajian-kajian ilmiah.

Masa studi yang dapat ditempuh pada Program Studi Penciptaan dan Pengkajian Seni (S2) ISI Denpasar adalah sebanyak 4 (empat) semester termasuk penyelesaian Tesis atau Karya. Perpanjang masa studi yang diijinkan adalah maksimum sebanyak 4 (empat) semester. Perpanjangan masa studi harus dilakuan sesuai ketentuan yang berlaku. Masa studi yang melampaui batas yang ditetapkan ataupun yang dilaksanakan di luar ketentuan akan memperoleh sanksi akademik.

Program Studi Seni (S3) Institut Seni Indonesia Denpasar, dilaksanakan berdasarkan Kepmen Ristek-Dikti No 137/KPT/I/2017 Tanggal 08 Pebruari 2017, adalah satu-satunya program pendidikan strata 3 (S3) di lingkungan ISI Denpasar. Program Studi ini mempunyai visi: Pada tahun 2022 terwujudnya Program Seni (S3) ISI Denpasar sebagai pusat unggulan hasil kajian, penciptaan, dan penyajian seni yang kreatif dan inovatif berbasis budaya lokal berwawasan universal.

Dalam upaya menjabarkan visinya, Program Studi Seni (S3) merumuskan misi :

1. Menyelenggarakan pendidikan, penelitian dan kekaryaan seni yang berbasis riset;
2. Menyelenggarakan penelitian, penciptaan, dan pembinaan seni, dalam rangka pengembangan bidang ilmu, SDM, masyarakat dan lingkungan budaya;
3. Menyelenggarakan pengabdian masyarakat untuk mengembangkan sumber daya manusia melalui program pengkajian, penciptaan dan penyajian seni;

Dalam mengimplementasikan visi dan misinya, ISI Denpasar senantiasa merespon perkembangan dunia seni, ilmu pengetahuan, dan kemajuan teknologi dalam upaya meningkatkan kecerdasan dan kreativitas masyarakat dalam menghadapi percaturan seni global. Realisasi ini diwujudkan dengan melalui peran ISI Denpasar sebagi pendidik, pelestari, pengemban, dan pengembang seni budaya lokal dan nusantara.

Kurikulum Program Studi Seni (S3) ISI Denpasar mengacu pada kurikulum K-Dikti dengan menekankan kekhasan dalam mengeksplorasi kesenian dan budaya lokal Bali di samping budaya Nusantara, yang dianalisis, diteliti, dikaji, diinovasi, dan disajikan berdasarkan metode ilmiah yang tercermin dalam hasil kajian, penciptaan, dan penyajian yang berbasis keunggulan.

Program Studi Seni (S3) menyelenggarakan pendidikan dengan minat studi Penciptaan, Pengkajian, dan Penyajian Seni. Program Studi Seni (S3) ISI Denpasar mengembangkan profesi yang relefan dengan kemajuan seni global, membangun kemampuan akademis serta membentuk kepribadian lulusan, sehingga mampu menghadapi kompetisi seni budaya di tingkat lokal, nasional, maupun internasional. Program Studi Seni (S3) ISI Denpasar juga melaksanakan pengkajian, penciptaan, dan penyajian karya seni secara kontekstual dan propesional serta mampu menunjukan dan mengembangkan keilmuan malalui karya ilmiah di bidang seni yang berpotensi mendapatkan perlindungan HAKI.

Masa studi untuk program studi seni (S3) ISI Denpasar adalah minimal tiga tahun (6 semester) termasuk penyelesaian Disertasi atau Karya. Batas masa studi yang diijinkan adalah maksimum sebanyak 14 (empat belas) semester. Perpanjangan masa studi harus dilakukan sesuai ketentuan yang berlaku. Masa studi yang melampui batas yang ditetapkan ataupun yang dilaksanakan di luar ketentuan akan memperoleh sangsi akademik.

Beban Studi Program Seni (S3) yang harus ditempuh oleh mahasiswa selama menempuh pendidikan doktoral dinyatakan dalam jumlah satuan kredit semester (SKS) seluruhnya adalah 44 sks.

Pelaksanaan tatap muka teori 1 sks setara dengan 50 menit dan praktek 100 menit tatap muka perminggu selama 14 minggu efektif.