Program Studi Pendidikan Seni Program Magister ISI Denpasar memiliki karakter khas berbasis budaya dan kearifan lokal berwawasan universal.  Sistem Pendidikan yang dikembangkan mengacu pada sistem pendidikan nasional dengan berpedoman pada Pancasila dan Undang-undang Dasar 1945. Dari sistem Pendidikan tersebut akan dihasilkan tenaga-tenaga pendidik di bidang seni yang dilengkapi dengan keunggulan dalam bidang seni baik praktik maupun teori.

Hal penting lainnya yang menjadi kekhususan Program Studi Pendidikan Seni Program Magister ISI Denpasar, yakni keberadaannya di tengah-tengah lingkungan kebudayaan Bali yang mendunia. Bagi mahasiswa yang tertarik untuk melakukan studi dengan subyek seni dan budaya Bali berikut sistem pewarisan seni budaya yang ada di dalamnya, ISI Denpasar menjadi tempat ideal; kebudayaan klasik, tradisi, modern, dan kontemporer hadir dan dikembangkan secara bersamaan. 

Program Studi Pendidikan Seni Program Magister dirancang untuk mewadahi proses kreatif, kritis, solutif, fungsional, profesional, integratif, dan inklusif dalam pengembangan keilmuan pendidikan seni. Produk akhir dari program Magister ini, berupa tesis yang berorientasi pada kajian atas fenomena pendidikan seni budaya Nusantara, berikut berbagai sistem pewarisannya. Pendekatan yang digunakan dapat berupa interdisiplin, multidisiplin,dan/atau kontekstual, yang dilaksanakan sesuai kaidah-kaidah akademik dan dapat dipertanggungjawabkan secara ilmiah